Слово «баптизм» произошло от древнегреческое слова «βάπτισμα» — крещение. Буквально глагол βαπτίζω — «крестить» означает погружать, в данном случае в воду. Во времена Иисуса Христа людей крестили полностью погружая (βαπτίζω) в воду в естественных водоемах, например, Христос крестился в реке Иордан. Так что на древнегреческом языке Иоанн Креститель звучало как Иоанн Баптист « Ἰωάννης ὁ Βαπτιστής» (Мат.3:1).

За баптистскими церквами со временем закрепилось именно это название, хотя при формировании первых общин они называли себя по-разному, например «братьями». Обращение «баптисты» утвердилось из-за того, что людям, пережившим духовное возрождение, преподавалось крещение в сознательном возрасте и через полное погружение в воду. Такое учение о крещении было обусловлено стремлением вернуться к первоначальному, новозаветному пониманию этой заповеди Иисуса Христа.